Conserver ses factures électroniques : durées légales, archivage et GED

Publication en partenariat. Cet article contient un lien commercial vers Deltic, signalé comme tel. Les durées et références légales citées ont été vérifiées dans les textes en vigueur ; Comptapolis n'a pas testé la solution de ce prestataire.

En résumé

Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA doivent pouvoir recevoir des factures électroniques, et l'émission suivra en 2026 ou 2027 selon la taille de l'entreprise (calendrier détaillé dans notre guide sur la facturation électronique). Une question reste souvent sans réponse : où et combien de temps conserver ces factures ?

Les deux durées à retenir : 6 ans pour répondre à l'administration fiscale, 10 ans pour les pièces justificatives de la comptabilité. La forme, elle, doit garantir que la facture reste authentique, intègre et lisible pendant toute cette période.

Quelles durées de conservation respecter ?

Deux textes se superposent, et c'est la durée la plus longue qui commande en pratique.

Une facture fournisseur sert à justifier la déduction de la TVA et d'une charge : sans elle, l'administration peut remettre ces déductions en cause lors d'un contrôle. Un conseil simple, qui évite de gérer deux calendriers : conserver toutes les factures dix ans, à partir de la clôture de l'exercice concerné.

Sous quelle forme conserver une facture électronique ?

L'article 289 VII du Code général des impôts impose que l'authenticité de l'origine, l'intégrité du contenu et la lisibilité de la facture soient garanties, dès son émission et jusqu'à la fin de sa période de conservation. Pour une facture reçue en format structuré, cela se traduit par quelques règles concrètes :

• Gardez le fichier tel qu'il a été reçu, sans le convertir, le modifier ni le remplacer par une impression : c'est lui qui fait foi.
• Ne vous contentez pas d'une boîte mail : une messagerie se purge, change de prestataire et ne prouve pas l'intégrité d'un fichier.
• Prévoyez la restitution : en cas de contrôle, vous devez pouvoir présenter les factures dans un format exploitable, avec les données qui les accompagnent.
• Sauvegardez en dehors de votre poste de travail : un disque dur seul ne garantit ni l'intégrité ni la durée.

Une facture papier scannée n'est pas équivalente à une facture électronique native : la première reste un document numérisé, la seconde est l'original. Si vous avez encore des factures papier, la numérisation est possible, mais elle suit ses propres règles de fidélité et de traçabilité.

Quels outils pour archiver sans s'y perdre ?

Trois familles de solutions existent, du plus simple au plus complet :

1. Le logiciel de comptabilité ou de facturation : beaucoup rattachent la facture à l'écriture comptable et la conservent avec elle. Vérifiez la durée d'accès après un éventuel arrêt d'abonnement, car c'est le point faible le plus fréquent. Notre comparatif des logiciels de comptabilité indique ce que chacun propose.
2. La plateforme agréée : elle transmet et reçoit les factures, mais elle n'est pas pensée comme un coffre d'archivage de longue durée. Demandez par écrit combien de temps elle conserve vos fichiers et dans quelles conditions vous pouvez les récupérer.
3. Une solution de GED (gestion électronique de documents) : elle centralise factures, contrats et pièces comptables avec indexation et recherche. Des intégrateurs comme Deltic accompagnent les entreprises qui veulent relier la GED à leur plateforme de dématérialisation, ce qui devient utile dès que les volumes ou les documents à rapprocher se multiplient.

Pour une entreprise qui émet quelques dizaines de factures par mois, la première solution suffit souvent. La GED prend son sens avec plusieurs services, plusieurs sociétés ou des documents à rapprocher (contrats, bons de commande, notes de frais).

Les erreurs qui coûtent cher en cas de contrôle

• Supprimer les factures d'un fournisseur après la fin du contrat avec lui.
• Perdre l'accès aux archives en changeant de logiciel, sans avoir exporté les fichiers.
• Ne conserver que le PDF lisible lorsque la facture a été reçue dans un format structuré.
• Compter sur le prestataire de comptabilité pour tout garder, sans l'avoir prévu par écrit.

La conservation fait partie des obligations qui s'imposent à vous, pas à votre logiciel : lorsqu'un contrôle survient, c'est l'entreprise qui doit présenter les pièces. Pour la TVA et ses justificatifs, voir aussi notre guide sur la TVA des auto-entrepreneurs.

Questions fréquentes

Pour aller plus loin

• Facturation électronique : calendrier, obligations, plateformes agréées
• Comparatif des logiciels de comptabilité
• TVA auto-entrepreneur : seuils et obligations

Article publié en partenariat commercial avec Deltic. Références légales vérifiées sur Légifrance à la date de publication.