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Meilleur logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneur 2026

Comparatif 2026 des meilleurs logiciels de compta pour auto-entrepreneur : Indy, Freebe, Abby, Tiime, Henrri. Gratuits, payants, facturation, URSSAF.

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Par Audrey Pirelli
Relu par Annamaria Dogan, rédactrice en chef
6 min de lecture

En résumé

Le meilleur logiciel de comptabilité pour un auto-entrepreneur en 2026 dépend de votre activité :

  • Activités de services (BNC) : Indy (plan gratuit ou 30 €/mois, URSSAF automatique).
  • Activités commerciales (BIC) : Freebe (9 €/mois, spécialisé AE) ou Abby (gratuit).
  • Facturation seule : Henrri ou Tiime (gratuits).
  • Compte pro + compta : Shine (7,90 €/mois) ou Qonto.

Ce guide détaille chaque logiciel, ses limites et les critères à vérifier pour ne pas se tromper, notamment la conformité à la facturation électronique obligatoire.

Ce que doit couvrir un logiciel d'auto-entrepreneur

Trois obligations comptables pour les auto-entrepreneurs, quelle que soit l'activité :

  1. Livre des recettes (BIC + BNC).
  2. Registre des achats (uniquement BIC : commerce, restauration).
  3. Facturation conforme : mentions obligatoires + facturation électronique (progressive).

S'y ajoutent :

  • Déclaration URSSAF mensuelle ou trimestrielle (chiffre d'affaires).
  • Déclaration 2042 C PRO (impôt sur le revenu).
  • TVA si vous dépassez les seuils de franchise.

Un bon logiciel couvre automatiquement les 3 à 5 obligations ci-dessus.

Tableau comparatif

| Logiciel | À partir de | Plan gratuit | Pour qui | URSSAF auto | |---|---|---|---|---| | Indy | 30 € / mois | ✅ | BNC / Libérales | ✅ | | Freebe | 9 € / mois | ❌ (essai 30 j) | AE BIC/BNC | ✅ | | Abby | Gratuit | ✅ | AE débutants | ✅ | | Tiime | Gratuit | ✅ | Freelances | ❌ | | Henrri | Gratuit | ✅ | Facturation pure | ❌ | | Shine | 7,90 € / mois | ❌ | Compte pro + compta | ❌ | | Qonto | 9 € / mois | ❌ | Compte pro premium | ❌ |

Les 5 meilleurs logiciels détaillés

1. Indy — le leader des indépendants

Indy (ex-Georges) est le plus complet pour les professions libérales et les freelances BNC. Inclus : facturation, sync bancaire, URSSAF, déclaration 2042 et 2035. Plan gratuit fonctionnel, puis 30 €/mois pour les usages avancés.

Idéal pour : freelances, médecins, avocats, paramédical, consultants.

2. Freebe — 100 % auto-entrepreneurs

Freebe est conçu exclusivement pour la micro-entreprise. L'interface est pensée pour les obligations AE : livre des recettes, URSSAF en un clic, registre des achats. 9 €/mois, 30 jours d'essai.

Idéal pour : auto-entrepreneurs BIC (artisans, commerçants, consultants).

3. Abby — le choix débutant

Abby séduit par un plan gratuit généreux, une excellente appli mobile et des simulateurs fiscaux intégrés. L'idéal pour démarrer sans engagement.

Idéal pour : auto-entrepreneurs qui débutent et cherchent un outil simple.

4. Tiime — la polyvalence

Tiime combine facturation, suivi bancaire et note de frais, avec une liaison possible à votre expert-comptable. Plan gratuit solide, puis 15–30 €/mois pour les fonctions avancées.

Idéal pour : freelances en transition vers la société (SASU).

5. Shine — la néobanque comptable

Shine n'est pas un logiciel pur, mais un compte pro avec facturation et pré-comptabilité intégrées. À 7,90 €/mois, c'est souvent le meilleur rapport qualité-prix pour centraliser banque et compta.

Idéal pour : auto-entrepreneurs qui ouvrent un compte pro dédié.

Les critères à vérifier avant de choisir

1. Conformité facturation électronique

La facturation électronique devient progressivement obligatoire en France. Tous les logiciels cités sont en conformité avec le calendrier. Vérifiez néanmoins la présence du module et l'intégration avec une PDP agréée.

2. Export comptable (FEC)

Si un jour vous basculez en société, vous voudrez récupérer votre historique. Privilégiez les logiciels qui proposent un export FEC standard.

3. Application mobile

Pour un auto-entrepreneur en déplacement, facturer depuis le mobile change tout. Indy, Tiime, Abby, Shine sont parmi les meilleures applis mobiles du marché.

4. Sync bancaire

Sans synchronisation bancaire, vous passez 2 à 3 heures par mois à saisir manuellement. C'est un faux gratuit si ça n'est pas inclus. Freebe, Tiime, Indy, Shine, Abby la proposent.

5. Support en français

Ce point paraît évident et pourtant : certains logiciels étrangers ont un support anglais uniquement. Tous les logiciels de ce guide ont un support français.

Quand passer au payant ?

Les plans gratuits suffisent quand :

  • Vous facturez moins de 10 clients par mois.
  • Vous n'avez pas besoin d'OCR (vous saisissez manuellement vos dépenses).
  • Vous ne gérez pas la TVA.

Il faut basculer payant dès que :

  • Vous dépassez les seuils de TVA (36 800 / 91 900 €).
  • Vous avez plusieurs comptes bancaires à synchroniser.
  • Vous voulez éviter toute saisie manuelle (OCR illimité).
  • Vous voulez un support prioritaire.

Faut-il aussi un expert-comptable ?

En auto-entreprise, un expert-comptable n'est pas obligatoire. Il devient utile quand :

  • Vous approchez les seuils de dépassement (transition au réel).
  • Vous envisagez passer en société (EURL, SASU).
  • Vous avez un cas fiscal complexe (multi-activité, LMNP en parallèle).

Voir notre guide : expert-comptable pour auto-entrepreneur et notre comparatif des cabinets.

Questions fréquentes

Le livre des recettes est-il obligatoire même pour un freelance ?

Oui, pour tous les auto-entrepreneurs sans exception. C'est une obligation fiscale. Les logiciels cités le tiennent automatiquement à partir de votre facturation et des encaissements.

Peut-on utiliser un tableur Excel pour sa compta AE ?

Légalement, oui. En pratique, pas recommandé : pas de sauvegarde, pas de facturation conforme, pas d'URSSAF automatique. Un logiciel gratuit comme Abby ou Henrri fait bien mieux pour zéro euro.

La facturation électronique est-elle déjà obligatoire ?

Elle est progressivement obligatoire à compter de septembre 2026 pour la réception par toutes les entreprises. L'émission suit en deux vagues (2026 pour les grandes entreprises, 2027 pour les PME et TPE). Tous les logiciels cités ici sont prêts.

Indy est-il mieux qu'un expert-comptable pour un freelance ?

Pour un freelance BNC simple, Indy suffit à 95 % des besoins. Pour les cas complexes (multi-activité, optimisation patrimoniale, passage en société), un expert-comptable apporte une vraie valeur.

Peut-on changer de logiciel en cours d'année ?

Oui. La plupart des logiciels exportent votre historique (CSV, FEC). Le plus simple est de basculer au 1er janvier ou à une date de clôture de trimestre.

Pour aller plus loin

Ce guide est rédigé et relu en interne par l'équipe éditoriale Comptapolis. La relecture finale par un expert-comptable diplômé sera mise en place dès le recrutement de notre référent (voir /equipe).